في النظام المنفصل يُفصل نصفا التبريد: يُعلَّق المبخر في سقف الغرفة، وتوضع وحدة التكثيف في الخارج (على الأرض أو السطح أو الجدار)، ويُمدَّد بينهما خط السائل وخط السحب. يطرح المكثف الهواء الحار بعيدًا عن الغرفة؛ وتبقى الوحدة بعيدة عن الضجيج وعن مساحة المنتج؛ وقد يبلغ طول الخط عشرات الأمتار.
ميزاته على المونوبلوك: يُبنى بكل سعة (من بضعة كيلوواط إلى مئات الكيلوواط)، ويُختار المبخر وفق المنتج (مبخر خضار منخفض الـ TD، مبخر تجميد سريع واسع الزعانف)، ويمكن لوحدة واحدة أن تغذي عدة غرف، ويوضع المكثف في المكان الأنسب. وعيبه أنه يتطلب في الموقع تمديد أنابيب وتفريغًا وشحنًا وتشغيلًا تجريبيًا؛ وتؤدي هذه الأعمال شبكة وكلاء سونكار وخدمتها.
النظام المنفصل الصحيح هو الذي يتوازن فيه المبخر والوحدة عند حرارة التبخر نفسها: تُختار سعة المبخر أكبر قليلًا من سعة الوحدة، وتُحدد أقطار الأنابيب وفق طول الخط وعودة الزيت. وفي كتالوجنا يمكن البحث في وحدات التكثيف والمبخرات بحسب السعة وظرف التشغيل؛ وتنتقل حاسبة حمل التبريد من النتيجة مباشرة إلى الموديلات المتوافقة.